Tuyệt! Hai năm sau mối bất đồng buộc Băng đảng Huyền bí phải đóng cửa. Scooby-Doo và nhóm chuyên gia giải quyết tội phạm thông minh gồm Fred (Freddie Prinze Jr), Daphine (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard) và Velma (Linda Cardellin) được mời tới Đảo Ma Quái để điều tra một chuỗi các sự kiện bất thường tại điểm du lịch Vui Chơi Mùa Xuân nổi tiếng.

Cho rằng công viên của mình thật sự bị ma ám, chủ nhân của Đảo Ma Quái Emily Mondavarious (qua tài diễn xuất của nam diễn viên nổi tiếng Rowan Atkinson) cố kêu gọi các thám tử tìm ra bí ẩn trước khi nó gây kinh hoàng cho cho du khách.
Scooby và nhóm bạn không những phải vượt qua thử thách về sự khác biệt cá nhân mà còn quên đi ý nghĩ về điều họ đã biết nhiều về những con ma cà rồng hay những sinh vật giả mạo để giải quyết vụ bí ẩn, cứu lấy bản thân họ và có thể là... cả thế giới. RUN-ROH!