Dưới sự chỉ đạo của chủ tịch Tsuwabuki của tập đoàn Devon, mọi người đang tiếp tục hấp thu năng lượng của Pokémon. Tuy đã đồng ý giúp sức cho tập đoàn Devon nhưng không hiểu sao Sapphire và Emerald luôn cảm thấy bồn chồn lo lắng. Giữa lúc ấy, Higana lại đột ngột tấn công! Ý định thực sự của cô là gì!? Trong khi đó, những khó khăn mới cũng đang chờ đợi Ruby trong cuộc tìm kiếm Rayquaza!!!
