Ngay trước thềm Hội nghị Thượng đỉnh Tokyo, một vụ nổ lớn đã xảy ra tại công trình khổng lồ, nơi sẽ trở thành địa điểm tổ chức hội nghị!! Hiện trường vụ nổ ấy thấp thoáng bóng dáng Toru AMURO, thành viên của tổ chức bí mật thường gọi là “ZERO”, thuộc Cơ quan Cảnh sát Quốc gia Nhật Bản. Conan cảm thấy có gì đó kì lạ ở con người luôn hành động trong bóng tối ấy!!
Giữa bối cảnh đó, những dấu vân tay tại vật chứng tìm thấy tại hiện trường vụ nổ đã được xác định là trùng khớp với vân tay của Mori KOGORO, cựu cảnh sát từng thuộc Tổ điều tra số 1. Xoay quanh vụ bắt bớ nghi phạm Kogoro, AMURO bắt đầu hành động như thể đối đầu với Conan… Đằng sau những hành động kì lạ ấy, liệu Amuro sẽ là bạn hay thù!?
